Abstrak

---

Bakteri Serratia plymuthica strain UBCR_12 merupakan salah satu bakteri rhizosfer yang telah diidentifikasi memiliki kemampuan menghasilkan senyawa antipatogen khususnya senyawa anti jamur. Dalam upaya untuk menggali lebih jauh mekanisme biosintesis senyawa tersebut, maka dibutuhkan data gen-gen yang terlibat. Untuk itu maka sangat diperlukan data keseluruhan genom dari bakteri tersebut. Penelitian ini secara umum bertujuan untuk memetakan jalur biosintesis senyawa anti patogen dari strain UBCR_12. Untuk mencapai tujuan tersebut, maka pada tahun pertama akan dilakukan karakterisasi berbasis kromatografi baik TLC maupun HPLC secara detail terhadap senyawa anti patogen yang dihasilkan. Kolinieritas antara senyawa yang dihasilkan dengan gen-gen yang terlibat di dalam jalur biosintesis akan dipetakan menggunakan strategi genome mining. Strategi akan dilakukan dengan menggunakan data genom total bakteri yang diperoleh setelah dilakukan sekuensing dengan platform NGS (Next Generation Sequencing). Draft genom dan anotasi akan disusun menggunakan berbagai software dan tool yang tersedia seperti BLAST, CLUSTAL-W, NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline, COG (Cluster Orthologous Group)- Glimmer gene prediction, dan BASys Web Server, SignalP serta TMHMM. Untuk membuktikan peran gen-gen dalam jalur biosintesis maka pada tahun ketiga akan dilakukan verifikasi peran masing-masing menggunakan pendekatan Site directed mutagenesis. Produk senyawa dan kemampuan anti patogen antara mutan dan wild type akan dibandingkan untuk memastikan peran gen-gen yang diduga terlibat dalam jalur biosintesis. Secara umum luaran yang diharapkan dari ketiga tahun pelaksanaan selain mendapatkan infomasi karakteristik senyawa, draft genom dan data verifikasi peran dari gen pada setiap tahun penelitian ini ditargetkan untuk menghasilkan karya ilmiah (manuscript) yang akan dipublikasi dalam jurnal internasional terindeks Scopus. Pada tahun 3, bahkan diharapkan bisa dihasilkan minimal 1 paten yang akan didaftarkan ke Dirjen HAKI. Karena penelitian ini masih bersifat sangat fundamental dan mendasar, maka level Tingkat Kesiapan Teknologi (TKT) kemungkinan baru berkisar antara 1-3. Dimana pada tahap ini peran utama dari masing-masing faktor dapat dijelaskan secara mendalam. Mekanisme dasar dari proses biosintesis senyawa anti patogen yang mendasarinya diharapkan bisa dijelaskan secara ajeg