Abstrak

---

Upaya memacu proses pemuliaan tanaman buah dapat dilakukan melalui pendekatan marka berbasis sequence sebagai marker assisted selection (MAS). Sifat target untuk komoditas mangga adalah tahan rontok dan berukuran besar, untuk durian berdaging buah tebal dan kuning, berbiji kecil, bebas getah kuning pada manggis, dan tanpa rasa sepat pada salak. Penelitian ini bertujuan untuk: Mendapatkan minimal masing-masing satu kandidat gen yang yerkait ukuran buah dan tahan rontok pada mangga, dua kandidat gen yang berkitan dengan rasa sepat pada salak, mendapatkan minimal 25 data sekuen fragmen DNA polimorfik pada manggis, masing-masing satu kandidat marka molekuler penanda warna daging buah kuning dan ukuran biji kecil pada durian, publikasi minimal 25 data sekuen yang diperoleh pada data base genBank. RPTP ini terdiri dari 4 kegiatan yaitu 1. Identifikasi marka molekuler untuk seleksi genotipe mangga tahan rontok dan ukuran buah besar., 2. Isolasi dan karakterisasi fragmen DNA polimorfik dan monomorfik pada pada plasmanutfah manggis Indonesia (Garcinia mangostana L.) , 3. Identifikasi marka SSR terpaut karakter daging buah warna kuning dan biji kempes pada durian, dan 4. Identifikasi dan karakterisasi marka SNP untuk seleksi varietas unggul salak tanpa rasa sepat Hasil penelitian molekuler mangga melalui teknik RAPD belum diperoleh primer spesifik penanda ukuran buah besar dan tahan rontok. Amplifikasi DNA mangga menggunakan primer gen polygalacturonase yaitu pasangan Mgg_F+Mgg_R dan SPNT_F+Mgg_R yang masing-masing menghasilkan pita tunggal berukuran ~ 600 bp dan 750 bp. Berdasarkan hasil analisis fragmen yang diamplifikasi menggunakan pasangan primer SPNT_F+Mgg_R adalah polygalacturonase kelas 1.Pasangan primer MiEx_Fm+MiEx_R (P3) menghasilkan fragmen yang berukuran 1221 bp, yang terdiri dari satu intron yang berukuran 870 bp dan dua exon yang berukuran 351 bp dan menyandi 117 residu asam amino. Amplifikasi DNA dengan menggunakan primer JOINTLESS dan FAS tidak diperoleh produk amplifikasi yang informatif. Hasil analisis sekuensing 69 sampel fragmen DNA polimorfik dan monomorfik pada manggis menunjukkan bahwa perbedaan karakter molekuler individu manggis yang dianalisis disebabkan adanya fragmen DNA mikrosatelit dan transposon yang merupakan non coding region. Dijumpai fragmen DNA manggis yang berasoriasi dengan enzim yang diduga berkaitan dengan sifat getah kuning yaitu calcium/calmodulin-dependent protein kinase II delta (CAMK2D. Enzim ini berfungsi dalam regulasi ion Calsium dan xyloglucan galactosyltransferase dalam mekanisme fisiologi dinding sel. Publikasi minimal 25 data sekuen DNA manggis yang diperoleh pada data base geneBank sedang dalam proses. Analisis sekuensing manggis masih perlu dilanjutkan karena masih sedikit fragmen DNA yang dianalisis. Selanjutnya telah diperoleh 3 lokus yang diduga berpotensi sebagai marka untuk identifikasi karakter warna daging kuning durian, yaitu mDz3G731, mDz2E9, dan mDz6F06; 2 lokus sebagai marka untuk identifikasi karakter biji besar yaitu mDz1G3 dan mDz03A31; serta 2 lokus untuk karakter biji kempes yaitu mDz1G102 dan mDz1C41.Lokus ini (mDz3G731, mDz2E9, dan mDz6F06) selanjutnya perlu diuji untuk digunakan sebagai marka spesifik identifikasi ketiga karakter buah durian tersebut yaitu warna daging kuning, biji besar dan biji kempes. Primer ANR yang didisain berdasarkan gen ANR dari Arabidopsis thaliana, diketahui mengandung fragmen DNA salak yang tidak mengandung stop codon. Namun demikian fragmen tersebut bukanlah fragmen gen ANR. Begitu pula dengan LAR, masih belum diperoleh fragmen DNA yang imformatif. Oleh karena itu dilakukan disain ulang primer menggunakan gen ANR dan LAR dari kelapa sawit dan kurma yang mempunyai kekerabatan yang lebih dekat dengan tanaman salak. Uji efektifitas diperoleh produk PCR yang berpeluang sebagai gen ANR dan LAR.